вычеты налога из з/п,гражданско правовой договор

Естественно, заявление, само по себе не является гражданско-правовым договором. Договор, в данном случае, это соглашение двух лиц, должен быть подписан двумя сторонами и содержать все существенные условия договора. В данном случае вообще трудно говорить о гражданско-правовом договоре, т.к. по сути, Вы будите выполнять функции, предусмотренные трудовым договором, а не гражданско-правовым.
При гражданско-правовом договоре, Ваш фактический работодатель, юридически не является Вашим налоговым агентом, соответственно никакие отчисления в соответствующие фонды (в том числе пенсионный)им не производятся и Вы должны позаботиться об этом самостоятельно.

Желаю удачи!