инвентаризация в магазине

Я работала в магазине, была проведена инвентаризация и выявлена недостача. Я отказалась платить, организация подала на меня в суд. По моему ходатайству была назначена бух. экспертиза,которая выявила ряд нарушений в документах(счет-фактурах,товарно-транспортных накладных), суд обязывает меня выплатить недостачу , я хочу обжаловать приговор, могу ли я подать на организацию в суд чтобы анулировать результат инвентаризация, ссылаясь на выявленые нарушения. Когда и как это лучше сделать?