прописка несовершеннолетних детей без последствия для семьи хозяина квартиры

Уважаемая Мария, в Вашем вопросе отсутствует самая главная информация – о том, кто является собственником указанной квартиры. Если собственником являетесь Вы с супругом (или кто-то из Вас), а сестра с детьми в квартире не проживают (а возможно даже не вселялись), то даже если Ваша сестра откажется сниматься с регистрации вместе с детьми, этот вопрос можно решить в судебном порядке. Так же Ваша сестра может взять на себя обязательство (нотариальное или в простой письменной форме) о снятии с регистрации (ее и детей), по Вашему требованию.
К сожалению формат данного сайта не дает возможности, выяснить у Вас существенные данные, и дать исчерпывающий ответ. Для более подробной консультации, Вы можете прийти на платную консультацию, где я смогу выяснить у Вас необходимые для квалифицированного ответа вопросы, и дать подробный ответ.
С уважением И.О. Лебедева.

Мария, для того, чтобы зарегистрировать своих детей Вашей сестре не требуется даже Вашего согласия, т.к. дети регистрируются по месту жительства одного из родителей.
Если дети и сестра будут сняты с регистрационного учета в квартире, то претендовать на квартиру они уже не могут.
Наличие зарегистрированных лиц формально не влияет на Ваше право продать квартиру. Конечно это может сказаться на цене