Увольнение по состоянию здоровья

Здравствуйте, подскажите пожалуйста, устроился на работу помощником машиниста на железную дорогу. В детстве была закрытая черепно-мозговая травма тяжелой степени тяжести, ушиб головного мозга, мед. комиссию с такой травмой на данную должность прошел каким-то чудом (допустили). После устройства сразу отправили на обучение, стоит обучение порядка 40 т.р.(за счет организации). В трудовом договоре прописано, что работник обязан отработать в данной организации не менее 3х лет, в ином случае обязан возместить затраты на обучение. Думаю, что следующая (периодическая) мед. комиссия не пройдет так гладко и меня не допустят до работы на данной должности. Могут ли меня уволить и обязан ли я возмещать затраты за обучение в данном случае?