Если уволили за прогул, то обязаны оплатить те рабочие дни которые я отработал?

конечно обязаны.

Здравствуйте, Дмитрий!
При увольнении за прогул Вам должны выплатить заработную плату за отработанный период, компенсацию за неиспользованный отпуск и иные причитающиеся суммы (премии и т.п.). Выплата производится в день увольнения, которым признается последний рабочий день (ст. ст. 84.1 и 140 ТК РФ). При длительном прогуле днем увольнения считается день, предшествующий первому дню прогула (письмо Федеральной службы по труду и занятости от 11.07.2006 N 1074-6-1 "Об оплате вынужденного прогула")
Если день увольнения и последний рабочий день не совпадают, то в таком случае указанные суммы должны быть выплачены не позднее следующего дня после предъявления уволенным соответствующего требования. При этом Трудовой кодекс РФ не устанавливает форму такого обращения. Значит, достаточно и устного заявления работника. В случае спора о размерах сумм, причитающихся работнику при увольнении, в день увольнения или обращения с требованием ему выплачивается не оспариваемая сумма (ст. 140 ТК РФ).
Всего доброго!