Правомерность приказов руководства предприятия по отношению к работникам.

Здравствуйте.
Я вот по какому вопросу: Я работаю в НИИ, это весьма престижное государственное предприятие в моём городе. Но не так давно с приходом нового директора на нём стали ужесточать условия труда, вот и хотелось бы узнать, на сколько это правомерно, и что мы - простые штатные работники можем сделать в данной ситуации.
И так, изложу по-порядку:
1. В моём трудовом договоре строго определено начало и окончание рабочего дня: начало в 8:30, окончание в 17:30. Однако по предписанию директора, работник обязан быть на своём рабочем месте не позднее 8:25, а выходить не раньше 17:35. Казалось бы мелочь, но у меня есть расписание движения транспорта на котором я еду от дома до работы, в связи с которым мне ну ни как не получается добраться до места работы раньше 8:27 (примечание: чтобы добраться от проходной до рабочего места мне нужно не более 40-ка секунд). В итоге в положенное рабочее время (8:30) я всё равно нахожусь на рабочем месте, но считаюсь опоздавшим на 2 минуты! А за это моё \"опоздание\" понижают коэффициент зарплаты всему отделу. Приезжать раньше я просто физически не могу. Никаких исправлений в трудовом договоре не было, никакого дополнительного соглашения работники не подписывали. Пока всё это доносилось до работников в устной форме от руководителей подразделений. Однако наказывают уже сейчас. Имеет ли руководство на это право?
2. У нас при работе в выходные дни идёт двойная оплата, как и указанно в трудовом кодексе, но так же в трудовом кодексе сказано: \"По желанию работника, работавшего в выходной или нерабочий праздничный день, ему может быть предоставлен другой день отдыха. В этом случае работа в выходной или нерабочий праздничный день оплачивается в одинарном размере, а день отдыха оплате не подлежит.\" У нас на предприятии этого выбора не предоставляется, то есть обменять половину оплаты за выходной день на деть отдыха нельзя. Имеет ли право руководство предприятия лишать работников такого права?
3. Ещё к вопросу об оплате выходных дней: Дело в том, что наша зарплата состоит из оклада и премии. Премия даётся из фонда материального стимулирования. Те люди, что работают в выходные получат свою оплату в размере двойного оклада тоже из фонда материального стимулирования. Размер этого фонда определяется объёмами работы, набранными предприятием за месяц и делится на все отделы кратно объёму работ каждого из них. Как не трудно догадаться, у людей, успевающих сделать свою работу в будние дни зарплата начала резко падать, так как львиную часть средств фонда забирали те, кто выходил работать в выходные. Я конечно понимаю, труд тех людей нужно оплачивать, но можно ли это делать из карманов работников, которые успевают справится со своей работой в будние дни?
4. Чтобы выйти с предприятия в рабочее время, или взять отгул (отработанный) на какой-нибудь срок теперь по предписанию директора необходимо предоставлять ему (директору) заявление не позднее, чем за 2 дня до планируемого отгула. Хотелось бы знать, а если вдруг случиться какое либо непредвиденное обстоятельство, в связи с которым я в рабочий день должен буду уйти с территории предприятия? Почему я должен делать это за свой счёт (без содержания) при имеющихся у меня отгулах или в счёт не отгулянного вовремя отпуска?

Правком на всё это пожимает плечами и помалкивает, он вообще у нас очень плохо работает. Как быть?
Заранее Спасибо.